Las limitaciones más importantes de las GPC son, por un lado, el que las GPC no generan datos primarios, ya que se elaboran a partir de conocimientos aportados por la [[investigación clínica]] y por los estudios de [[efectividad]] de las [[tecnologías sanitarias]] y, por otro lado, el que un [[documento de recomendaciones]] cambie la propia [[práctica médica]] y que al final mejore los resultados clínicos de una determinada [[intervención]] puede ser una pretensión excesiva ((L. Guerra, A. Del Río. Guías de práctica clínica: ¿merece la pena su desarrollo?. Guías de práctica clínica e informes de evaluación, 1994, pp. 297-308)).